Při použití skleněných zkumavek v laboratorním prostředí je nezbytné přísně dodržovat řadu klíčových postupů a bezpečnostních opatření. V první řadě se před a po použití ujistěte, že je zkumavka čistá a bez zbytků, a to důkladným omytím saponátem, vodou nebo alkoholem; navíc pečlivě zkontrolujte trubici, zda nemá praskliny nebo vady, abyste zabránili experimentálnímu selhání nebo bezpečnostním rizikům. Kromě toho musí být zkumavka udržována v suchu, uvnitř i venku, aby se zabránilo interferenci vlhkosti s experimentálními výsledky. Během provozu by mělo být zahřívání prováděno postupně, aby se zabránilo rychlému nárůstu teploty, který by mohl způsobit rozbití trubky; podobně při protřepávání zkumavky s ní zacházejte opatrně, aby nedošlo k potřísnění tekutého obsahu.
Kromě toho by zkumavky měly být chráněny před nárazy tvrdými předměty. Při přemísťování kapalin buďte opatrní a naklánějte zkumavku, abyste zabránili rozlití, a přísně chraňte před křížovou kontaminací-. Při skladování by měly být zkumavky umístěny bezpečně, aby nedošlo k náhodné kolizi, a měly by být jasně označeny, aby se předešlo záměnám-. Zkumavky obsahující plyny vyžadují mírné uvolnění zátky, aby se zabránilo prasknutí způsobenému kolísáním tlaku; navíc pro dlouhodobé-skladování by měly být uzavřeny, aby byly chráněny před prachem a zajistily trvalou čistotu vnitřních i vnějších povrchů. Dodržování těchto odborných pokynů výrazně zvýší jak bezpečnost, tak přesnost laboratorních experimentů.